公元年1月23日，从这一天开始，明王朝建文这个年号就成为了过去，取而代之的是大明朝的第三个皇帝朱棣，他将自己的国号定为永乐。这个时候明朝的首都还在北京，而是在应天，也就是现在的南京。
改国号之后不久，就有朝臣提出来将首都迁往北京，朱棣听了之后很是高兴，于是就在朝堂之上提出了这个事情，但是遭到了大臣们的强烈反对。既然大臣反对，朱棣也不能大张旗鼓的开始迁都，他就开始隐秘地进行迁都的事宜，随后在一个合适的契机之下，朱棣将首都迁往北京。那么，朱元璋定都的南京在之后怎么样了呢？
南京作为大明王朝的最开始的定都地点，也不能完全不管，更何况朱元璋还葬在钟山上。所以朱棣还是将南京给保留了下来，朱棣迁都之后，虽然有大批的朝臣及一些商贾巨富们跟着皇帝一起定居北京，但是南京并没有就此没落，在明朝中期的时候，有将近万的口，一直是当时最大的城市，而且是南方地区政治经济文化的中心。
但是皇宫就没有这么幸运了。其实早在靖难之役中，朱棣带领的军队进攻南京的时候，明朝故宫就发生了一场大火，建文帝是否已经死亡也随之成为了历史悬案。除此之外，明成祖朱棣在建造北京紫禁城的时候，也从南京运了一部分建材去北京，有记载说：“移宫殿巨材北上，以备营建”。
此后，被忽视的明朝皇宫遭受了不同程度的损坏，因为没有什么太多的人看管，在明正统十四年夏六月，南京因为风雨雷电的原因，导致谨身、奉天、华盖三个宫殿发生火灾；明英宗年间，南京西安门木厂发生火灾，一直烧到了皇墙，之后的时间里，不是发生火灾就是发生洪水被淹，在这样风吹日晒加火灾的情况下，明朝的皇宫就越发的破败不堪。
明朝在南京的皇宫也还有人居住，有一些太监和宫女就被留下来作为皇宫的看守人员，有时候皇帝代天巡狩南方，还是会将南京作为行宫暂时居住，不过没落的南京已经没有了当年的辉煌。
值得一提的是，明朝末年，崇祯皇帝自缢于煤山之后，福王朱由崧在南京被推为皇帝，南京又一次成为了明朝的首都，但是仅仅维持了八个月的时间，南京城的光辉又一次的没落。
千里莺啼绿映红，水村山郭酒旗风。
南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。
——唐杜牧《江南春》
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